첫째, 자금원이 다르다. 전국 사회보장기금은 중앙예산 충당금, 국유자본 양도, 펀드 투자수익 및 국무부가 승인한 기타 방식으로 구성되어 있다. 사회보험기금은 기본연금보험기금, 기본의료보험기금, 산업상해보험기금, 실업보험기금, 출산보험기금의 총칭으로 주로 단위와 개인분담금으로 형성된다.
둘째, 성격과 용도가 다르다. 전국사회보장기금은 사회보장예비기금에 속하며, 인구 고령화 성수기 연금보험 등 사회보장지출의 보충과 조제를 전문으로 하고 있으며, 사회보장기금은 주로 개인연금, 의료, 산업재해, 실업, 출산보험 대우의 당기지불에 쓰인다.
셋째, 운영 관리 방식이 다르다. 전국사회보장기금은 전국사회보장기금이 운영하고 있으며 국무원이 승인한 고정수익, 주식, 미상장지분 등 자산에 투자할 수 있어 중국 내 시장과 해외시장에 투자할 수 있다. 각종 사회보험기금은 각지 사회보험 경영기관이 관리하고 사회보험 보험종에 따라 별도로 장부를 작성하여 예산을 통해 수지 균형을 이룹니다. 현재 사회보험기금은 반드시 재정전문가에 예금해야 하며, 투자 운영의 범위와 분야는 엄격히 제한된다.