AFP 는 원발성 간암의 조기 진단에 가장 민감하고 특이한 지표로 대규모 조사에 적합하다. 성인 혈액 중 AFP 수치가 높아지면 간암의 가능성이 있음을 알 수 있다.
AFP 함량이 현저히 높아지면 일반적으로 원발성 간세포암을 암시하고, 70~95% 의 환자는 AFP 가 높아진다. 말기일수록 AFP 함량이 높지만 음성은 원발성 간암을 배제할 수 없다. AFP 수준은 종양의 크기를 어느 정도 반영하며, 동적 변화는 병세와 관련이 있으며 치료 효과와 예후 판단을 보여주는 민감한 지표다. AFP 값이 비정상적으로 높으면 일반적으로 예후가 좋지 않다는 것을 암시하고, AFP 함량이 높아지면 병세가 악화됨을 시사한다.
산부인과의 생식선 배아암, 난소 내배동암의 AFP 도 눈에 띄게 높아진다. AFP 중등도의 상승은 알코올성 간경화, 급성 간염, HBsAg 감염자에서도 흔히 볼 수 있다. 일부 소화관 암도 알파 태아 단백질의 증가를 가질 수 있다. 임산부 혈청이나 양수에서 AFP 가 높아지면 태아 척추분열, 무뇌, 식도폐쇄증, 다태를 알리는 반면, AFP 는 태어나지 않은 태아가 다운 증후군에 걸릴 위험이 있음을 시사한다.
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