남해 어업 자원 조사 연구 분야에서는 어업 생태계와 어업 관리, 어업 자원 모니터링과 평가, 어업 자원 증식과 해양 목장, 수생 야생 동물 보호 등에 대한 연구가 주로 진행되고 있다.
건강한 양식 분야에서는 국내외 수산양식학과 발전의 최전방에 입각하여 관련 학과 첨단 기술을 종합하여 종합생태양식기술과 무공해양식기술, 미생물이 생태환경을 개선하는 데 도움이 되는 양식기술, 물고기, 새우, 조개, 조류다원생태양식기술의 응용기초와 기술 연구를 주로 전개하고 있다.
수산 종질자원과 유전육종 연구 분야에서는 주로 열대해양생물유전다양성 분석, 중요한 열대해수양식종의 종질평가와 유전육종 연구가 진행된다. 중국 근해도미과 어류의 유전적 다양성 수준과 종질 상태를 체계적으로 분석했다. 얼룩절 새우와 합포주모조개 유전육종이 파격적인 진전을 이루어 여러 개의 신품계를 얻었다.
생명기술 분야에서는 생선, 새우, 조개, 조류의 유전자 복제, 기능 유전체학, 유전자 변형, 생물공학 육종 연구가 주로 진행된다.
수산질병예방분야에서는 해양어류 세균성 질병과 면역, 해양조개 병원병리학과 예방, 새우 면역과 질병 예방 등을 주로 연구하고 있다.
수산물 가공 및 종합 이용 분야에서는 주로 수산물 심도가공제품, 수산보건식품, 수산미용식품, 고부가가치 생물제품 개발에 중점을 두고 수산물 심도가공과 저장연구를 실시한다.
수산물 품질 안전 관리 분야에서는 수산물 안전 기초 연구, 수산물 품질 위험 평가, 품질 안전 모니터링 기술 및 표준화 기술 연구가 주로 진행되고 있습니다. 수산물 중 독성 유해 물질의 축적, 대사 및 분해 기술 연구, 수산물 품질 위험 평가, 안전 제한 연구, 품질 안전 관리 기술, 품질 안전 보장 시스템 연구, 수산물 품질 기준 제정 (개정).
어업 장비 및 공학 기술 분야에서는 시설 어업 장비 기술, 해양 목장 공학 기술, 해양 어업 기술 및 어구 어업 방법 연구를 주로 전개하여 신기술 생산 공예, 기업 표준 및 책임있는 해양 어업 기술 체계를 건립한다.
어업 정보 기술 분야에서는 어업 과학 데이터 공유 플랫폼 건설, 어업 경제 발전 전략, 어업 정보 서비스 등에 대한 연구를 주로 실시하여 어업 거시적 관리 결정과 어업 정보 종합 서비스를 위한 체계적인 기술 지원을 제공한다.