첫째, 주관 부서가 다르다. 성 의료보험의 주관 단위는 성 보건국 산하의 성 보건센터이다. 시급 의료보험은 각 시 보건국 산하의 시급 보건센터와 현급 보건센터이다. 둘째, 보험 대상이 다르다. 성급 의료보험의 참보주체는 성직기관, 성직사업단위, 중앙에서 성급 주재하는 사무기구와 사업단위, 성속기업과 중앙기업이 성급 주재하는 지사, 성급 시장감독부에 등록한 기업 등과 같은 성직기관이다. 시급 의료 보험 대상은 시급 행정 구역 내의 기관 사업 단위, 기업, 직원 및 유연한 고용인이다.
셋째, 의료 보험 제도의 규정에는 차이가 있다. 현재 우리나라의 의료 보험 제도는 각 조정 지역에 의해 제정된 것이다. 성급 의료보험과 시급의료보험은 서로 다른 조정 지역에 속하기 때문에 의료보험 시행 세부 사항에는 개인계좌 반환 비율, 의료보험 입원 상환 비율 등 미묘한 차이가 많다. 넷째, 사회보장카드에는 차이가 있다. 성급 의료보험에서 사용하는 사회보장카드는 성 인적자원과 사회보장청에서 발급하고, 시급의료보험에서 사용하는 사회보장카드는 시 인적자원과 사회보장청에서 발급한다. 위의 공장은 각각 XXX 성 인적자원과 사회보장청 또는 XXX 시 인적자원과 사회보장국이다.