왓슨과 홈즈는 좋은 친구이다. 왓슨은 부상으로 아프가니스탄에서 영국으로 돌아왔다. 그는 집을 찾아 전세를 낼 때 홈즈를 만났다. 당시 그들은 아직 알지 못했지만, 이때부터 왓슨은 셜록 홈즈의 조수가 되었다. 왓슨은 여러 차례 셜록 홈즈를 도왔고, 셜록 홈즈의 친구였다. 왓슨은 셜록 홈즈를 숭배하고, 홈즈는 왓슨을 신뢰한다.
셜록 홈즈는 자기가 컨설팅 탐정이라고 자칭했고, 종종 다른 탐정이나 사립탐정이 어려움에 처했을 때 그에게 도움을 청했다. 그는 머리가 냉정하고 관찰력이 예민하며 추리력이 뛰어나 관찰과 연역 추리, 법률 지식을 통해 문제를 해결하는 데 능하다.
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왓슨은 조수로서 측면에서 셜록 홈즈가 사건의 단서를 찾고 셜록 홈즈가 추리하는 것을 도왔다. 그는 좋은 파트너이다. 마지막 결말에서 셜록 홈즈는 모리티아 교수에 의해 절벽에서 밀려났고, 교수 수하의 범인은 셜록 홈즈를 추적하기 시작했다. 왓슨은 셜록 홈즈가 이미 세상을 떠났다고 착각했고, 슬픔은 그의 정신질환을 초래했다.