그러나 모든 기밀 시스템이 보안 수준이 높은 컴퓨터 정보 시스템은 아닙니다. 모든 보안 컴퓨터 정보 시스템이 기밀 정보 시스템은 아닙니다.
예를 들어, 일부 기업의 컴퓨터 정보 시스템은 영업 비밀을 보호하기 위해 많은 보안 기술 및 관리 조치를 채택하고 높은 수준의 보안을 달성하지만 국가 비밀과 관련된 정보가 없기 때문에 기밀 정보 시스템으로 볼 수 없습니다. 그러나 일부 당정 기관의 비밀 네트워크는 범위가 매우 좁고, 하나 또는 몇 개의 방만 있는 몇 대의 컴퓨터가 네트워크에 연결되어 비교적 폐쇄적인 물리적 안전 조치를 취하여 외부와 물리적으로 격리되었다. 더 많은 보안 기술을 채택하지 않았음에도 불구하고, 시스템의 보안 수준도 그리 높지는 않지만, 관리가 엄격하고 보안이 통제되기 때문에 시스템에서 실행되는 것은 국가 비밀 정보이기 때문에, 이러한 시스템은 기밀 정보 시스템에 속한다.