일본군이 투항한 후 윤여경은 그해 북평포병국 골목군 교도소에 수감되었다. 1946 6 년 6 월 26 일 난징으로 공수해 다음날 재판을 받았다. 2000 여 명이 재판에 참가했다. 윤여경은 자신이 유죄라는 것을 알지만, 그는 운이 좋다. 그는 머리를 쥐어짜고,' 항전 지원' 의 모든 공적을 나열하고, 수만 자의 자백서를 써서 자신을 미화하고, 자신의 범죄를 정당화하려고 시도했다.
1947 년 7 월 남경고원은 "윤여경 연속 음모 반역, 사형 선고, 공권 박탈 종신" 이라고 판결했다. 가족 구성원의 필요한 생활을 제외한 모든 재산은 몰수되었다. 윤여경은 불복하여 여러 차례 재심을 신청했고 모두 기각되었다.