파파인은 파파야 미성숙유에 풍부한 메르 캅토 프로테아제로, 아르기닌과 라이신의 카르복실기 끝을 가수 분해하는 저특이성 단백질 가수 분해 효소이며, 파파인에 특정 리소자임과 셀룰라아제가 함유되어 있어 용균과 섬유소 가수 분해 활성도 겸하고 있다. 파인애플단백질 효소와 마찬가지로 파파인은 동물원성 중성단백질 효소보다 활성조건 범위가 더 넓으며, 수해 기질의 특이성이 낮아 소화가 잘 되지 않는 음식물 성분을 정밀하게 소화할 수 있다.
작용이 비교적 온화하기 때문에 임상질환 치료에 파파인을 적용하는 것은 파인애플단백질 연구만큼 깊지 않지만, 임상적으로는 파파인을 요추 디스크 돌출치료 또는 완화에 사용할 수 있고, 보조화학요법 약물로 암 치료 및 외용 여드름 제거 등 약용 효능이 있다고 보도했다. 식품보건응용 분야에서도 산모 통유, 변비 개선, 예방과 보조치료 소화 불량 등을 볼 수 있다.